Mejor programa de facturación para autónomos (2026)

La mayoría de quienes buscan un programa de facturación para autónomos no están descontentos con su herramienta. Están descontentos con la factura que pagan por ella. Se dieron de alta para emitir facturas y, por el camino, acabaron pagando un ERP contable entero con un módulo de conciliación bancaria que han abierto exactamente una vez.

Esa es la verdadera pregunta que se esconde detrás de «software de facturación para autónomos»: ¿necesito de verdad un programa de contabilidad, o solo necesito que me firmen un presupuesto y poder cobrar?

Para muchos autónomos en solitario y estudios de dos personas en España, la respuesta honesta es la segunda. Así que vamos a comparar las opciones para ese trabajo en concreto: presupuestos, firma electrónica, IVA, factura electrónica, precio y cuánta sobrecarga contable te toca tragar. Veremos a quién le encaja cada herramienta, incluidos los casos en los que un programa contable completo sigue siendo la elección correcta.

Un apunte sobre las cifras de abajo: hemos contrastado cada precio en junio de 2026 con la propia web del proveedor, y son netos (sin IVA) salvo que se indique. Aun así, los precios se mueven, así que vuelve a comprobarlos antes de firmar nada.

Los criterios que de verdad importan

Al elegir software de facturación para autónomos, el precio mensual es el criterio menos interesante, porque casi todos los planes de entrada se mueven en una horquilla parecida, entre unos 6 y 20 €/mes. Lo que de verdad los separa:

Presupuestos + firma electrónica. ¿Puedes enviar un presupuesto y conseguir que lo firmen antes de empezar el trabajo? La mayoría de los programas de facturación se saltan este paso y arrancan directamente en la factura. Un detalle importante: ninguno de los grandes programas españoles de facturación promociona un flujo de firma con validez legal.

IVA e inversión del sujeto pasivo. Si facturas a un cliente en Francia o Países Bajos, ¿la herramienta gestiona el IVA transfronterizo, o lo haces a mano?

Factura electrónica. En España se solapan dos obligaciones: Verifactu (el sistema antifraude que exige encadenar las facturas con hash, QR y la marca VERI*FACTU) y la factura electrónica B2B del RD 238/2026, aún pendiente de la orden ministerial que pondrá en marcha los plazos (previsiblemente, octubre de 2027 para empresas de más de 8 millones de facturación y octubre de 2028 para el resto de empresas y autónomos). ¿Puede la herramienta producir un fichero estructurado conforme a la norma EN 16931 (Facturae, UBL) cuando un cliente o la Administración lo pida?

Sin sobrecarga contable. Pagar por contabilidad de doble partida que no abres nunca.

Condiciones del contrato. Este criterio, sin hacer ruido, importa más que el precio.

1. Holded

El referente como suite de gestión, y genuinamente bueno en aquello para lo que está hecho: contabilidad, CRM e inventario en un solo sitio. El plan de entrada «Plus» ronda los 7,50 €/mes neto (a junio de 2026); el «Básico», más orientado a contabilidad real, sobre 14,50 €/mes, y de ahí sube hasta los planes Premium para empresas con más volumen. Es maduro, se adapta a Verifactu y produce factura electrónica.

El matiz honesto: es mucha herramienta. Si tu día a día es emitir cuatro o diez facturas al mes, estás pagando por un taller entero para colgar un cuadro.

A quién le encaja: autónomos que van camino de la contabilidad de verdad. Tienes gestor, quieres todo en un panel, controlas gastos, bancos y modelos. Si «necesito un programa de contabilidad» es una frase verdadera para ti, Holded es una opción sensata.

Lo que no hace bien: la primera mitad del trabajo. No hay un flujo serio de presupuesto a firma. No puedes enviar un presupuesto, recoger una firma con validez legal y cobrar una señal en el mismo sitio en el que luego facturarás.

2. Quipu

Otro nombre fuerte del mercado español, muy centrado en automatizar la facturación y la contabilidad del autónomo. El plan «Starter» ronda los 14 €/mes con pago anual (sobre 19,90 €/mes según el ciclo y la fuente, a junio de 2026). En prestaciones es sólido: facturación, captura de gastos, conciliación y adaptación a Verifactu.

El punto a vigilar, como en cualquier suscripción anual, son las condiciones de renovación y el ciclo de facturación: revisa la letra pequeña antes de comprometerte a un año.

A quién le encaja: autónomos que quieren facturación y contabilidad ligera bien integradas y no les importa pagar por esa profundidad. Como los demás de esta categoría, trata la factura como el punto de partida. El presupuesto, la firma y la señal ocurren en otro sitio: el correo, una herramienta de firma aparte, una transferencia manual.

3. Billin

Una opción más ligera, centrada en facturar, que se sitúa entre la plantilla y la suite completa. El plan «Básico» ronda los 6,60 €/mes con pago anual (unos 8 €/mes en pago mensual); el «Pro», 12,50 €, y el «Ilimitado», 20 € (a junio de 2026, sin IVA). Es buena para sacar tu factura online rápido, con captura de gastos, y cubre IVA y la adaptación a la factura electrónica.

A quién le encaja: autónomos que quieren facturación limpia y algo de automatización sin la profundidad contable de Holded o Quipu. Es un término medio razonable. Pero, como los anteriores, trata la factura como el principio. El presupuesto, la firma y el anticipo pasan en otra parte.

4. Una plantilla (Word / Excel / Google Docs)

No es una herramienta, pero es el punto de partida real de muchísimos autónomos que empiezan, así que merece estar aquí. Coste: cero.

A quién le encaja: quien factura a uno o dos clientes al mes y aún no necesita nada más. El problema llega con Verifactu: la normativa antifraude española exige que el software que emite facturas las encadene con hash y QR, y una plantilla de Excel no hace eso. Y un PDF que parece una factura no es lo mismo que una factura electrónica estructurada válida. Ese hueco es justo lo que empuja a la mayoría a buscar software en primer lugar.

5. Clozo

Vamos a ser claros sobre a quién beneficia más esta solución (sí, somos parte interesada). Clozo está construido en torno a un único flujo:

1. Envías un presupuesto profesional.
2. Consigues una firma electrónica con validez legal (eIDAS, con un registro de auditoría de IP y marca de tiempo).
3. Cobras una señal.
4. Cobras a través de un solo enlace: tarjeta (vía Stripe) o SEPA, sin comisiones de transacción añadidas sobre las de Stripe.

Después, cuando el trabajo está hecho, valida en tiempo real el número de IVA intracomunitario del cliente contra el VIES y aplica automáticamente la inversión del sujeto pasivo en operaciones transfronterizas. Y produce una factura electrónica válida en el formato del país del cliente: Facturae o UBL para España, Factur-X para Francia, UBL para Países Bajos, y así sucesivamente. Clozo genera el fichero estructurado válido y te lo exporta; el envío o la presentación —a FACe, a la futura solución pública de facturación electrónica o a través de tu plataforma/gestoría— lo haces tú: Clozo no se conecta a esos sistemas. No presenta tus impuestos ni es un libro de contabilidad. Qué plan incluye cada cosa —el motor de IVA/VIES, el cobro online y la exportación de la factura electrónica estructurada— lo tienes en precios.

Ese último punto es el sacrificio deliberado. Lo único que ninguno de los programas españoles anteriores promociona de verdad —una firma con validez legal y un registro de auditoría con IP y marca de tiempo— es justo aquello sobre lo que se construye Clozo.

Hay un plan gratuito (0 €) para empezar, y planes de pago facturados mes a mes y sin permanencia. Las prestaciones avanzadas —cobro online, motor de IVA/VIES con inversión del sujeto pasivo y la exportación de la factura electrónica estructurada— van en los planes de pago; el detalle de qué incluye cada uno lo tienes en precios.

A quién le encaja: autónomos y estudios pequeños cuyo problema de dinero es el proceso. La persecución, el «¿ya firmaste el presupuesto?», el cobro tardío, las dudas con el IVA transfronterizo y producir una factura electrónica conforme a demanda: todo eso se resuelve con Clozo. Si tu trabajo empieza con un presupuesto y acaba cobrando, esto cubre la línea entera.

Para quién no es: si de verdad quieres contabilidad de doble partida completa, todos tus impuestos automatizados y tu gestor en la misma herramienta, Clozo no es eso, y Holded o Quipu serán la mejor opción. Como alternativa a Holded, Clozo solo tiene sentido cuando tu problema es el proceso de cobro, no la contabilidad.

Entonces, ¿qué programa de facturación para autónomos elegir?

Decide según el trabajo, no según el logo:

• Quieres contabilidad de verdad, gastos e impuestos en un panel: Holded.
• Quieres facturación con contabilidad ligera bien integrada: Quipu.
• Quieres software ligero, centrado en facturar: Billin.
• Facturas a un cliente y un PDF aún (casi) vale: una plantilla, por ahora, vigilando Verifactu.
• Tu dolor es todo el proceso de cobro —presupuesto, firma, señal, pago y una factura electrónica válida sin un gestor de por medio—: Clozo.

La trampa que conviene evitar es pagar precios de contabilidad completa, con condiciones anuales, por un trabajo que en realidad es «presupuesto, firma, cobro». Si ese es tu trabajo, no necesitas un programa de contabilidad. Necesitas algo que te haga cobrar.

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